As missões dadas aos ninjas são dividas em:

Rank D

Missões simples de serem feitas. Normalmente são cuidar de alguma lavoura, resgatar animais desaparecidos, passear com animais. Não envolvem nenhum tipo de batalha. São entregues a recentes Genins para que eles se acostumem a seus novos companheiros. São as missões mais baratas.

Rank C

Missões que envolvem sair do Vilarejo. Normalmente envolvem a proteção de alguém, a entrega de documentos oficiais. Ninjas com experiência são necessários, porém pela baixa probabilidade do encontro de ninjas no caminho genins talentosos podem fazê-la, ou recentes Chuunins.

Rank B

São mais difíceis. Têm uma grande possibilidade de encontro com ninjas inimigos. Envolvem a proteção de coisas mais importantes com grande risco. São entregues a Chuunins mais talentosos, ou muito raramente para Jounins.
Rank A

A segunda missão mais difícil. Extremamente importantes, com altíssimo risco de morte. São caras, importantes, e são feitas pelos Jounins, com raras exceções, quando o Kage do vilarejo a faz.

Rank S

(Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai)

Equipe especial, eles estão sobre o comando direto do líder do vilarejo. Suas identidades são mantidas em segredo, por isso, durante as missões andam com uma máscara no rosto. Podem ser jounins ou chuunins. Não se mostrou como um ninja vira um ANBU. Existe ainda a ANBU Ne.